В 2013 году, учитывая необходимость реорганизации Министерства обороны, был разработан и утвержден план развития этого ведомства. В 2014 году под руководством Шойгу Сергея Кужугетовича принята новая военная концепция государства. Ею предусмотрены новые угрозы: внешние и внутренние. Список первых был значительно расширен. Это обусловлено бурной деятельностью иностранных служб, которые стали устанавливать в соседних с Россией государствах новые режимы, угрожающие её интересам.
Управление Вооруженными силами, сбор и анализ данных относительно политической и военной обстановки на мировой арене требовали нового подхода. Министерство приняло решение о создании единого национального центра управления, который начал свою работу в декабре 2014 года. Министерство обороны поставило задачу перед учеными и конструкторами разработать и обеспечить вооруженные силы новейшей техникой. Шойгу расторг контракты с другими государствами, поставляющими оружие России. В рамках новой программы вооружения обязанность по оснащению Вооруженных Сил взял на себя оборонно-промышленный комплекс. Только за один, 2014 год, оснащение армии новейшими разработками возросло на 7%.
С приходом Шойгу уменьшилось количество военнослужащих по призыву, а численность контрактников увеличилась более чем 3 раза. По распоряжению министра обороны были открыты военные училища. Набор курсантов только за 2015 год превысил 14 000 человек. Стали создаваться научные роты, куда набирали одаренных сотрудников и молодых специалистов. Боевая подготовка в армии поставлена на должный уровень. Повсеместно проходят боевые учения.
Под руководством Шойгу создана Средиземноморская эскадра, обеспечивающая постоянное присутствие российских кораблей и судов в водах Средиземного моря. Знаменитая Таманская и Кантемировская дивизия были вновь восстановлены по распоряжению Шойгу.
Министр обороны позаботился и о социальной сфере военнослужащих. На получение субсидий на покупку жилья были выделены государственные многомиллионные средства, которые позволяют только за год улучшить жилищные условия 20 000 личного состава Вооруженных Сил.
Сергей Шойгу создал компактную, боеспособную армию, укомплектованную новейшим оборудованием.